Ciba

Galaxy Workflow System CIBA Course

Attending Students (and some Lecturers...)

foto: Juliana dos Santos

Organizing commitee

- Felipe da Silva Embrapa CNPTIA (Brazil)
- Pierre Marraccini Cirad UMR AGAP / Embrapa Cenargen (Brazil)

Lecturers

- Manuel Ruiz - CIRAD-BIOS (France)
- Alexis Dereeper - IRD UMR RPB (France)

Students
Adhemar Zerlotini Neto    -    Embrapa CNPTIA
Alan C Andrade    -    Embrapa Cenargen
Bianca Baccili Zanotto Vigna    -    Embrapa CNPPSE
Camila Campos Mantello    -    Unicamp/IB
Carolina Vianna Morgante    -    Embrapa semiaridos
César Augusto da Silveira    -    Embrapa Soja
Cláudia Fortes Ferreira    -    Embrapa CNPMF
Cristiane S. Rocha    -    Unicamp/FCM
Douglas Silva Domingues    -    IAPAR
Fabienne Micheli    -    Cirad UMR AGAP
Juliana Dantas    -    Embrapa Cenargen
Karina Peres Gramacho    -    UESC/Ceplac
Lilian Padilha    -    Embrapa café
Luiz Lehmann Coutinho    -    ESALQ
Marc Giband    -    Cirad UMR AGAP
Marcelo Gonçalves Narciso     -    Embrapa CNPAF
Maria Augusta Crivelente Horta    -    Unicamp/CBMEG
Michèle Claire Breton     -    Embrapa CNPMF/IAC citrus
Natalia Martins    -    Embrapa Cenargen
Orzenil Bonfim da Silva Jr.    -    Embrapa Cenargen
Priscila Mary Yuyama    -    IAPAR
Reynaldo Garcia Junior    -    UESC/Ceplac
Roberto Togawa    -    Embrapa Cenargen
Rogerio Merces Ferreira Santos     -    UESC
Sergio Furtado dos Reis    -    Unicamp/CBMEG
Thaís Cabrera Galvão Rojas    -    Unicamp/IB
Thiago Gibbin Marconi    -    Unicamp/CBMEG
Vera Quecini    -    Embrapa CNPUV 
 

Schedule

21th of november
 

  • 9h: introduction, presentation of Southgreen platform.
     
  • 10h - 12h: introduction and initiation to Galaxy workflow system
     
  • 14h - 17h: introduction to Next Generation Sequencing. Quality control and cleaning of NGS data.


22th of november
 

  • 9h - 12h: mapping and assembly of NGS data.
     
  • 14h - 17h: SNP polymorphism analyses (SNP detection, statistical analyses, genetic diversity...).


23th of november
 

  • 9h - 12h: automatic functional annotation, on the Gene Ontology.
     
  • 14h - 17h: phylogenetic analyses, orthology and paralogy.
     


24th of november
 

  • 9h - 12h: introduction to Linux system and main commands.
     
  • 14h - 17h: use of bioinformatic tools, using Linux command line system (BLAST, ...).


25th of november
 

  • Discussions, and applications to specific user needs. Opening to collaborations.

 

This event is organized by:

Embrapa    CIRAD

 

Support for this event is provided by:

Ambassade de France      

 

 

O Consórcio Internacional em Biologia Avançada (CIBA)

 

O Consórcio Internacional em Biologia Avançada (CIBA) é baseado na parceria entre a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA, Brasil) e a Fundação Agropolis International (Montpellier, França). O CIBA tem como missão favorecer interações científicas entre instituições de pesquisa brasileiras e francesas dentro de um contexto internacional onde o Brasil está cada vez mais envolvido com diferentes fóruns europeus de pesquisa para o melhoramento das produções agrícolas. O melhoramento de plantas – incluindo as mais recentes técnicas de genética e de biologia molecular, junto com a genética clássica e os experimentos de campo – foi considerado como uma base sólida para estabelecer uma colaboração durável entre os atores do CIBA. O CIBA tem também, como missão, uma abertura das parcerias Norte-Sul (e.g. França-Brasil), às parceiras Sul-Sul, de uma forma bilateral ou trilateral (e.g. Brasil-Africa; Brasil-Africa-França).

O objetivo geral do CIBA é de consolidar a colaboração científica entre a EMBRAPA e a Fundação Agropolis (e as instituições nelas associadas, como a UESC, a Ceplac, o IAC, entre outras) através de competências, ferramentas e conhecimentos comuns. Os projetos desenvolvidos através do CIBA têm como objetivos, atender a comunidade científica internacional, do Norte e do Sul, trabalhando em problemáticas da agricultura tropical, subtropical e mediterrânea.

 

CIBA objectives regarding bioinformatics:

  1. Organizing regular (annual) Bioinformatics meetings, using as model the 2010-CIBA meeting currently organized by UESC.
     
  2. Establishing joint actions for supporting reciprocal training of technicians, students and researchers in the concerning bioinformatics labs,
     
  3. Promoting the building of bilateral and international networks on Bioinformatics,
     
  4. Improving mobility and capacity of bioinformaticians.