Ciba
Galaxy Workflow System CIBA Course
Attending Students (and some Lecturers...)
foto: Juliana dos Santos
Organizing commitee
- Felipe da Silva Embrapa CNPTIA (Brazil)
- Pierre Marraccini Cirad UMR AGAP / Embrapa Cenargen (Brazil)
Lecturers
- Manuel Ruiz - CIRAD-BIOS (France)
- Alexis Dereeper - IRD UMR RPB (France)
Schedule
21th of november
- 9h: introduction, presentation of Southgreen platform.
- 10h - 12h: introduction and initiation to Galaxy workflow system
- 14h - 17h: introduction to Next Generation Sequencing. Quality control and cleaning of NGS data.
22th of november
- 9h - 12h: mapping and assembly of NGS data.
- 14h - 17h: SNP polymorphism analyses (SNP detection, statistical analyses, genetic diversity...).
23th of november
- 9h - 12h: automatic functional annotation, on the Gene Ontology.
- 14h - 17h: phylogenetic analyses, orthology and paralogy.
24th of november
- 9h - 12h: introduction to Linux system and main commands.
- 14h - 17h: use of bioinformatic tools, using Linux command line system (BLAST, ...).
25th of november
- Discussions, and applications to specific user needs. Opening to collaborations.
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O Consórcio Internacional em Biologia Avançada (CIBA) é baseado na parceria entre a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA, Brasil) e a Fundação Agropolis International (Montpellier, França). O CIBA tem como missão favorecer interações científicas entre instituições de pesquisa brasileiras e francesas dentro de um contexto internacional onde o Brasil está cada vez mais envolvido com diferentes fóruns europeus de pesquisa para o melhoramento das produções agrícolas. O melhoramento de plantas – incluindo as mais recentes técnicas de genética e de biologia molecular, junto com a genética clássica e os experimentos de campo – foi considerado como uma base sólida para estabelecer uma colaboração durável entre os atores do CIBA. O CIBA tem também, como missão, uma abertura das parcerias Norte-Sul (e.g. França-Brasil), às parceiras Sul-Sul, de uma forma bilateral ou trilateral (e.g. Brasil-Africa; Brasil-Africa-França).
O objetivo geral do CIBA é de consolidar a colaboração científica entre a EMBRAPA e a Fundação Agropolis (e as instituições nelas associadas, como a UESC, a Ceplac, o IAC, entre outras) através de competências, ferramentas e conhecimentos comuns. Os projetos desenvolvidos através do CIBA têm como objetivos, atender a comunidade científica internacional, do Norte e do Sul, trabalhando em problemáticas da agricultura tropical, subtropical e mediterrânea.
CIBA objectives regarding bioinformatics:
- Organizing regular (annual) Bioinformatics meetings, using as model the 2010-CIBA meeting currently organized by UESC.
- Establishing joint actions for supporting reciprocal training of technicians, students and researchers in the concerning bioinformatics labs,
- Promoting the building of bilateral and international networks on Bioinformatics,
- Improving mobility and capacity of bioinformaticians.